El circuito de Malasia se estrenó para la F1 en 1999. Un buen trazado, una organización impecable y unas instalaciones lujosas, todo un clima de fiesta para la F1. Sin embargo, el fin de semana se estropeó por el problema de los deflectores de Ferrari. Los coches fueron descalificados en parte por la incompetencia de los comisarios técnicos, pero finalmente, fueron clasificados de nuevo por la FIA, y considerados conformes con el reglamento. Irvine fue el vencedor de la primera carrera, lo que permitió a Schumacher y Ferrari llegar en primera posición a Japón en el Campeonato del Pilotos.

En el 2000 fue la última prueba de la temporada, con el triunfo de Ferrari en el Campeonato de Constructores. Schumacher ganó la carrera por delante de Coulthard y Barrichello.

En el 2001 la prueba malasia pasó a comienzos de temporada, después de Australia. Michael ganó por segundo año consecutivo, pero en el 2002 fu su hermano Ralf quien consiguió su única victoria de la temporada en este circuito.

En el 2003, Kimi Raikkonen consiguió su primera victoria en un Gran Premio, por delante de Rubens Barrichello y Fernando Alonso. Michael Schumacher fue penalizado debido a un incidente con Jarno Trulli en la primera vuelta de la carrera. El alemán acabó en sexta posición.

Michael Schumacher volvía a la senda ganadora en la carrera del 2004 y obtenía su tercer triunfo en seis años en Sepang por delante del BMW Williams de Juan Pablo Montoya, que concluyó segundo a tan solo cinco segundos del alemán. Mark Webber lograba en el circuito malayo el mejor resultado en calificación de la historia de Jaguar Racing, ya que el australiano tomaba la salida desde la segunda posición de la parrilla. Sin embargo, su carrera concluía prematuramente tras hacer un trompo.

El piloto español Fernando Alonso se imponía en la carrera de 2005 para Renault po delante de su amigo y rival de Toyota, Jarno Trulli.

Giancarlo Fisichella logró en el GP de Malasia 2006 su única victoria de la temporada. El triunfo del piloto italiano llegó después de que su compañero en Renault, Fernando Alonso, tuviera problemas de repostaje en la sesión de calificación. Sin embargo, el Campeón del Mundo se recuperó en carrera y consiguió finalizar segundo, lo que le permitió a Renault celebrar un excelente doblete por delante del Honda de Jenson Button.